1、均質壓力
均質壓力應根據料液的特性決定，提升壓力的過程中其壓力應逐步調節，避免壓力突變。均質過程中，物料均質壓力一般不得超過2000bar，超負荷運轉時，設備可短暫的超壓20%運行，此后控制箱電路會自動開啟切斷保護功能使設備停止運行，30秒之后即可再次開機和工作。若是在均質過程中出現壓力無法上升的情況，表明上單向閥堵塞，只需用細鐵絲通球閥即可。
2、樣品回流、倒噴
均質過程中，應注意管路中樣液流出管路的狀態，若是出現回流或是倒噴，表明下單向閥堵塞，只需拆卸下單向閥，疏通閥孔即可。
3、液體泄漏
高壓均質機的整個樣品通路中沒有o-型圈或是墊片，所有的面密封均為精密加工的金屬對金屬或是金屬對陶瓷的密封，一般不會出現液體泄漏現象。但若是安裝不當，如樣品罐與單向閥扣合不*、某一組件拆卸后未安裝好則會導致漏液，此時只需檢查管路并嚴格按照安裝手冊要求將各個組件正確安裝即可。此外，在加氣加壓沖洗樣品通路時，若是樣品罐未*蓋好，則會出現液體因氣壓作用沖出樣品罐而導致樣液漏出，此操作不會影響均質過程，但會弄臟整個外部管路，影響機器美觀及維護，若是樣品有毒有害則會危污染操作環境及操作人員，此時只需*旋緊樣品罐后再加氣加壓沖洗樣品通路即可避免上述現象的發生。
4、樣品含有氣泡或走空
采用動態均質閥的高壓均質機，允許樣品含有氣泡或是樣品走空。樣品含有氣泡或走空時，在均質過程中使得均質閥桿和閥座產生一定程度的碰撞，對閥桿和閥座有較大的磨損，尤其是對于手動調節的均質閥，不僅易造成均質閥磨損，甚至會直接導致均質閥的碎裂而無法使用，此外還會使得均質過程中產生極大的噪音。動態均質閥則會較好地減小其破壞性和噪音，但是一般建議盡量避免長期使用含有大量的氣泡樣品和管路中樣品走空情況的出現，可有效延長均質閥的使用壽命。
5、納米級均質機冷卻水
樣品冷卻方式采用逆流換熱，即換熱器下端接進水口，上端接出水口，即可實現有效制冷。
